يكي از نگراني هاي مطرح شده در طي درمان ارتودنسي پوسيدگي دندان ها مي باشد. اكثر بيماران ارتودنسي از پوسيدگي ميناي دندان در زير وسايل ارتودنسي (براكت هاي ارتودنسي) نگران هستند  اين در حالي است كه ا نواحي زير براكت هاي ارتودنسي خطر پوسيدگي بالايي ندارند بلكه  تجمع مواد غذايي در اطراف براكت هاي ارتودنسي و عدم رعايت بهداشت صحيح توسط بيمار، باعث ايجاد پوسيدگي در اين نواحي مي شود. نصب وسايل ارتودنسي در دهان سبب افزايش گير مواد غذايي مي شود و به همين دليل رعايت بهداشت دهان و دندان در طي درمان ارتودنسي اهميت بسيار زيادي دارد. عدم رعايت صحيح بهداشت دهان و دندان (استفاده روزانه و منظم از مسواك، نخ دندان و مسواك بين دنداني) مي‌تواند منجر به  پوسيدگي دندان يا تغيير رنگ دندان‌ها و ايجاد لكه هاي سفيد بر روي سطح دندان ها شود. اين لكه‌ها در واقع مرحله قبل از پوسيدگي دندان‌ها مي‌باشد.در صورتي كه اين مشكل براي به يك فرد وجود بيايد و رعايت مستمر دستورات بهداشتي تأثيري در كنترل آنها نداشته باشد، ممكن است متخصص ارتودنسي به اين نتيجه برسد كه درمان ارتودنسي را زودتر از موعد تعيين شده به پايان برساند و براكت‌ها را بردارد. زيرا اولويت اول براي هر فرد، داشتن دندان‌هاي سالم است و بعد از آن نوبت به داشتن دندان‌هاي صاف و مرتب مي‌رسد.

همچنين عدم رعايت بهداشت دهان و دندان به حد كافي مي‌تواند منجر به بروز بيماري لثه شود. اولين علامت بيماري لثه، خونريزي لثه هنگام مسواك زدن مي باشد. عفونت و التهاب لثه مي‌تواند باعث پيچيده‌تر شدن فرايند درمان ارتودنسي شود، زيرا سرعت حركت دندان‌ها در اين شرايط كاهش پيدا مي كند و روند پيشرفت درمان كندتر مي‌شود. در برخي موارد هم عفونت لثه مي‌تواند آسيب‌هاي برگشت‌ناپذيري به بافت‌هاي حمايت كننده از دندان وارد كند. لذا اولين اقدامي كه در هر جلسه ويزيت توسط متخصص ارتودنسي انجام مي‌شود بررسي وضعيت بهداشت بيمار و ارائه آموزش‌هاي لازم مي باشد.

يكي از عوارض احتمالي درمان ارتودنسي دندان، تحليل ريشه مي باشد؛ اين عارضه به معناي كوتاه شدن طول ريشه دندان مي باشد. . در بسياري از بيماران  اين موضوع در حد از بين رفتن جزئي تيزي نوك ريشه‌ي دندان و صاف شدن انتهاي ريشه مي باشد كه اين مسئله در بلند‌مدت براي دندان‌ها هيچ مشكلي ايجاد نمي كند. در بعضي از بيماران احتمال وقوع تحليل ريشه به طور طبيعي بيشتر است مثلا اگر شرايط زمينه‌اي خاصي مثل بيماري آسم يا سابقه ضربه، شكستگي دندان يا اعمال نيروي ارتودنسي غلط وجود داشته باشد احتمال وقوع تحليل ريشه افزايش مي يابد. هر چند احتمال تحليل و كوتاه ‌شدن شديد ريشه دندان ها در بيماران ارتودنسي كم است ولي آگاهي از اين مسئله ضروري است. با دقت در مقدار و مدت اعمال نيروي ارتودنسي مي‌توان تا حدود زيادي از ايجاد اين عارضه پيشگيري نمود. معمولا داشتن براكت براي مدت زمان بسيار طولاني احتمال بروز اين مسئله را بيشتر مي‌كند. بسياري از ارتودنتيست‌ها براي بررسي اين موضوع در ابتدا و در اواسط درمان ارتودنسي راديوگرافي دندان تهيه مي‌كنند تا اين موضوع را تحت نظر داشته باشند.

پس از درمان ارتودنسي دندان ها معمولا تمايل دارند به موقعيتي كه قبل از شروع درمان داشته‌اند، برگردند. به همين دليل بعد از پايان درمان ارتودنسي نامرئي و ثابت، از ريتينر جهت حفظ دندان ها در موقعيت جديد استفاده مي شود. ريتينرها به صورت پلاك هاي متحرك و يا به شكل سيم‌هاي فلزي هستند كه به پشت دندان‌هاي چسبانده مي‌شوند (فيكس ريتينر). اين مرحله از درمان ارتودنسينقش بسيار مهمي در موفقيت درمان و كيفيت نتايج نهايي دارد.

اگر  ارتودنسي دندان توسط متخصص ارتودنسي و به طور صحيح انجام شود احتمال بروز عوارض بسيار كاهش مي يابد. در اكثر مواقع عوارض ارتودنسي مربوط به درمان هايي است كه توسط افراد غير متخصص و گاهي با هزينه ارتودنسي بالا انجام مي شود.

دكتر قديريان متخصص ارتودنسي و عضو هيأت علمي دانشگاه تهران پس از معاينه دقيق دهان و دندان‌ها و بررسي سابقه بيمار بهترين طرح درمان را ارائه مي دهند تا با توجه به وضعيت دندان‌ها و فك‌ها هيچ گونه اثر جانبي يا عوارض نامطلوب بروز نيابد.